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申报纳税程序
根据《土地增值税暂行条例》规定，纳税人应自转让房地产合同签订之日起7日内，向房地产所在地的主管税务机关办理纳税申报。
房地产开发企业土地增值税清算管理
(一)土地增值税的清算条件：
1.符合下列情形之一的，纳税人应进行土地增值税的清算：
(1)房地产开发项目全部竣工、完成销售的;
(2)整体转让未竣工决算房地产开发项目的;
(3)直接转让土地使用权的。
2.符合下列情形之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算：
(1)已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的;
(2)取得销售(预售)许可证满三年仍未销售完毕的;
(3)纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的;
(4)省税务机关规定的其他情况。
(二)清算时相关问题的处理
1.土地增值税清算时收入的确认
土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入;未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。
2.房地产开发企业未支付的质量保证金，扣除项目金额的确定
房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除;未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。
3.房地产开发费用的扣除(同前面规定)
4.房地产企业逾期开发缴纳的土地闲置费
房地产开发企业逾期开发缴纳土地闲置费不得扣除。
5.房地产开发企业为取得土地使用权所支付的契税，应视同“按国家统一规定交纳的有关费用”，计入“取得土地使用权所支付的金额”中扣除。
6.拆迁安置费的扣除规定：
(1)本地安置：房地产企业用建造的该项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。
房地产开发企业支付给回迁户的补差价款，计入拆迁补偿费;回迁户支付给房地产开发企业的补差价款，应抵减本项目拆迁补偿费。(计算)
(2)异地安置：开发企业采取异地安置，异地安置的房屋属于自行开发建造的，房屋价值计入本项目的拆迁补偿费;异地安置的房屋属于购入的，以实际支付的购房支出计入拆迁补偿费。
(3)货币安置：货币安置拆迁的，房地产开发企业凭合法有效凭据计入拆迁补偿费。
【例题·单选题】房地产开发企业进行土地增值税清算时，下列各项中，允许在计算增值额时扣除的是( )。
A.加罚的利息
B.已售精装修房屋的装修费用
C.逾期开发土地缴纳的土地闲置费
D.未取得建筑安装施工企业开具发票的扣留质量保证金
【答案】B
【解析】选项A：加罚的利息在计算土地增值税时不可以扣除;选项C：房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费计算土地增值税时不得扣除;选项D：质保金要看发票，没有取得发票是不可以扣除的。
7.关于转让旧房准予扣除项目的加计问题
8.土地增值税清算后应补缴的土地增值税加收滞纳金问题
纳税人按规定预缴土地增值税后，清算补缴的土地增值税，在主管税务机关规定的期限内补缴的，不加收滞纳金。
土地增值税清算审核：主要是审核各项扣除要各归其位，不能张冠李戴。
(三)清算审核方法
1.非直接销售和自用房地产的收入确定
(1)房地产开发企业将开发的产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产。
(2)房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未产生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。
2.公共设施处理原则：房地产开发企业开发建造的与清算项目配套的居委会和派出所用房、会所、停车场(库)、物业管理场所、变电站、热力站、水厂、文体场馆、学校、幼儿园、托儿所、医院、邮电通讯等公共设施，按以下原则处理：
(1)建成后产权属于全体业主所有的，其成本、费用可以扣除;
(2)建成后无偿移交给政府、公用事业单位用于非营利性社会公共事业的，其成本、费用可以扣除;
(3)建成后有偿转让的，应计算收入，并准予扣除成本、费用。
(四)土地增值税的核定征收
1.依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的;
2.擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的;
3.虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的;
4.符合土地增值税清算条件，未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的;
5.申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
核定征收率原则上不得低于5%。
(五)清算后再转让房地产的处理
在土地增值税清算时未转让的房地产，清算后销售或有偿转让的，纳税人应按规定进行土地增值税的纳税申报，扣除项目金额按清算时的单位建筑面积成本费用乘以销售或转让面积计算。
单位建筑面积成本费用=清算时的扣除项目总金额÷清算的总建筑面积
【例题】甲企业为某市房地产企业，2015年发生相关业务如下：
(1)其为开发项目支付土地价款12000万元，缴纳契税480万元。
(2)开发成本为7000万元，其中：非银行机构借款利息支出640万元。
(3)销售面积占可售面积的90%，根据销售合同确认销售收入36000万元(不包括用于安置回迁户占可售面积10%的房屋)。
(4)甲企业已经按照预征率的3%缴纳土地增值税1080万元。甲企业委托某税务师事务所进行土地增值税清算鉴证，并出具鉴证报告。
(5)甲企业计算土地增值税前可以扣除的税金及附加为2200万元。 (其他相关资料：当地政府确定房地产开发费用扣除比例为10%)
根据以上资料，回答下列问题：
(1)下列关于甲企业的土地增值税清算税务处理，表述正确的有( )。
A.甲企业应进行土地增值税清算
B.甲企业可以拒绝进行土地增值税清算
C.甲企业计算土地增值税扣除利息支出应归为房地产开发成本
D.甲企业支付拆迁补偿费属于房地产开发成本组成部分
【答案】AD
(2)甲企业为取得土地使用权所支付的金额为( )万元。
A.12000
B.12480
C.13250
D.13789
【答案】B
【解析】甲企业为取得土地使用权所支付的金额=12000+480=12480(万元)。
(3)甲企业计算土地增值税的开发成本为( )万元。
A.7000
B.9506
C.10306
D.10360
【答案】D
【解析】甲企业计算土地增值税的开发成本=7000-640+36000÷90%×10%=10360(万元)。土地增值税清算时，已经计入房地产开发成本的利息支出，应调整至开发费用中计算扣除;房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户，安置用房视同销售处理，按规定确定收入，同时将此确认为房地产开发项目的拆迁补偿费。
(4)甲企业计算土地增值税的开发费用为( )万元。
A.1036
B.1248
C.2284
D.3214.8
【答案】C
【解析】甲企业计算土地增值税的开发费用=(12480+10360)×10%=2284(万元)。
(5)甲企业应该补缴土地增值税( )万元。
A.1352.4
B.3113.46
C.2033.46
D.3743.68
【答案】A
【解析】销售收入总额=36000÷90%=40000(万元);扣除项目合计=12480+10360+2284+2200+(12480+10360)×20%=31892(万元);增值额=40000-31892=8108(万元);增值率=8108÷31892×100%=25.42%;适用30%的税率;应缴纳的土地增值税=8108×30%=2432.4(万元);应补缴土地增值税=2432.4-1080=1352.4(万元)。
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